
12. Jahrhundert
Um die Mitte des 12. Jahrhunderts (vor 1156) verlängerte man den Chor um ein quadratisches Joch, eine halbrunde Apsis und flankierende Türme. 
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|  Ansicht des Chores von Osten, Foto 2001
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Der Chor des Erzbischof Anno erhielt damit einen neuen, aufwendigen Abschluß, der nicht nur den Raum abermals vergrößerte, sondern dem Kirchenbau auch ein besonders formenreiches Äußeres gab, das zur Stadt hin eine reichgegliederte Fassade bildet. 
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|  Grundriss von Kirche und Stift in der 2. Hälfte des 12. Jahrhunderts
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Die Wände des Langchores wurden im Zug dieser Maßnahme erhöht und erhielten hoch sitzende Fensterpaare; dem bis dahin flachgedeckten Raum wurde ein Gewölbe eingezogen (zwei quadratische Joche).
Die Apsis ist außen in vier Geschosse und sieben Achsen gegliedert: über dem Sockel zwei Reihen von Blendarkaden auf Säulen. In drei der oberen Arkaden sitzen große Rundbogenfenster.
Nach oben schließen Plattenfries und Zwerggalerie ab.
An den unteren Geschossen der beiden Türme ist die Blendgliederung der Apsis fortgesetzt; die drei freien Geschosse sind mit Lisenen und Rundbogenfriesen sowie Zwillingsblenden besetzt (im obersten Schallfenster). 
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|  Inneres der Apsis, Foto 2001
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Die Apsis hat innen zwei Geschosse: jeweils sieben Blendbögen auf Säulen; die Wandfelder sind flache Nischen; im oberen Geschoß nehmen große Rundbogenfenster drei Wandfelder ein. Das Chorjoch ist seitlich in portalartigen Bögen zu den Kapellen in den Türmen geöffnet.
Der neue Ostabschluss des Chores steht am Anfang einer Reihe derartiger 'Chorfassaden' der staufischen Zeit. Er hat den Chor des Bonner Münsters (vollendet 1152) zur Voraussetzung und wurde zum Vorbild für die nachfolgenden Chöre der Kölner romanischen Kirchen (Groß St. Martin, St. Aposteln, St. Maria im Kapitol etc.) 
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|  Grundriss der Krypta nach der Erweiterung des 12. Jahrunderts
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Für diese Erweiterung wurde auch die Krypta nach Osten um vier Joche verlängert. Dieser neue Teil hat höhere Gewölbe; sie ruhen auf vier Säulenpaaren mit differenzierter ausgearbeiteten Basen und Kapitellen. Im Unterbau der Türme befinden sich kleine Kapellenräume.
1190/91 wurde die Gelenkstelle zwischen dem Zentralraum und dem Langchor neugestaltet: mit der (noch heute erhaltenen) Confessio, dem neuen Gereonsaltar und einer Schrankenanlage. 
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|  Confessio, mit den Sarkophagen der Märtyrer aus der Thebäischen Legion
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Man glaubte den durch Gregor von Tours bezeugten Märtyrerbrunnen am westlichen Ende der Krypta gefunden zu haben und errichtete ein neues Gewölbe über dem Grab des Heiligen (Confessio). Dieser Raum war vom Zentralraum der Kirche über eine Treppe zugänglich und zur höher gelegenen Krypta in zwei Bögen offen. Die heutigen Zugänge der Krypta sind erst 1895 angelegt worden.
Über der Confessio stand auf auf einem Podest auf halber Höhe der in den Chor führenden Treppe der Gereonsaltar.
Hinter dem Altar, am Ansatz des ersten Chorjochs befand sich ein Lettner; er trennte die ohnehin durch den Niveau-Unterschied separierten Räume vollends voneinander. Diese Stelle des Übergang zwischen dem tief liegenden Zentralraum einerseits und Langchor und Krypta andererseits erhielt während der folgenden Jahrhunderte mehrfach eine andere Form. 
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