St. Apostelns Langhaus ist i. W. noch das der Pilgrimsbasilika der 1020er-Jahre. Das ist an den Mittelschiffarkaden ablesbar. Typisch für die Kölner frühe Romanik wurden zu Pilgrims Zeiten die Pfeiler und Arkadenbögen aus vorhandenen römischen Werksteinen unterschiedlicher Gesteinsart errichtet.
Solch buntscheckiges Materialrecycling ist auch in anderen frühromanischen Bauten Kölns wie St. Maria im Kapitol oder St. Georg zu beobachten. In St. Aposteln war es vor allem ein rötlicher Sandstein, der von Pilgrims Bauleuten genutzt wurde und der sich deutlich absetzt von den in der Spätromanik hinzugefügten Pfeilervorlagen und den die Arkadenbögen überfangenden Blendbögen aus hellem, eigens zugeschlagenem Trachyt. In den kreuzgratgewölbten Seitenschiffen mit würfelkapitellbekrönten Halbsäulenvorlagen und schweren Gurtbögen hat sich dagegen die Basilika Pilgrims vollständig erhalten.
Recht genau 200 Jahre nach dem Pilgrimsbau wurde das Langhaus im Stil der Zeit modernisiert. Den alten Arkaden wurde ein dreizoniger Wandaufbau mit Blendbiforien und Gewölben darüber vorgelegt.
Hundertprozentig Sicheres über die Detailgestalt dieser stauferzeitlichen Einwölbung ist jedoch nicht zu sagen, da die Gewölbe in den vergangenen 200 Jahren mehrfach abgetragen und in vielleicht veränderter Gestalt wieder eingezogen wurden.
