Das Langhaus sowie die beiden östlichen Querräume zählen zu den ältesten Bauteilen von St. Pantaleon. Sie wurden zwischen 964/66 und 980 errichtet.
In einer zweiten Bauphase, die kurz nach der ersten begann und um 1000 endete, wurde der Saalbau verlängert und mit einem Westwerk ausgestattet. Zudem wurde der Chorbereich umgebaut. Im 12. Jh. wurde das Kirchenschiff um zwei Seitenschiffen erweitert. Maßgebliche Veränderungen brachten sowohl das 17. Jh. - in dieser Zeit wurde beispielsweise der Lettner vom Osten in den Westen der Kirche versetzt - als auch die Barockisierung der Innenausstattung im 18. Jh. Eine abschließende Neugestaltung brachte der Wiederaufbau der Kirche nach dem Zweiten Weltkrieg.
Nachdem das Gewölbe des Mittelschiffs einstürzte, wurde es durch eine Flachdecke ersetzt. Ende der 1980er Jahre wurde der Künstler Dieter Hartmann damit beauftragt, die Decke mit einem Bildprogramm auszustatten. Die Malereien in den Bildfeldern wurden 1993 ausgeführt und zeigen die Wurzel Jesse.
