In der Ausgrabungszone ist zu sehen, wie die Pfeilerfundamente des östlichen Langhausjochs der heutigen Kirche die ergrabenen Reste des spätantiken Saalbaus an dessen Eckpunkten umschließen.
Letzterer war also zur Zeit des ottonischen Baus im 10. Jh. noch bekannt und diente als baulicher Ausgangspunkt, obwohl doch in der Zwischenzeit anstelle seiner der frühmittelalterliche Stiftskirchenbau des 8. Jh. errichtet worden war. Doch auch dieser hatte sich bereits am spätantiken Ursprungsbau orientiert und zumindest dessen Ostwand in die neue Kirchenanlage integriert. Im nördlichen Ausgrabungsbereich sind deren mächtige, aus übereinandergestellten und verfüllten antiken Sarkophagen aufgestapelten Fundamente zu erkennen. Grüne Bodenzeichnungen im Westteil der Grabung zeichnen ihren Westteil mit Rechteckchor nach.
Die Grenzen der bis ins 9. Jh. entstandenen zwei Kirchenbauten wurden erstmals 948 unter Bischof Wichfrid durch die Anlage der Confessio nach Osten hin erweitert. Das darauf hin immer weiter östlich ausgreifende Bausystem St. Severins lässt sich in der Unterkirche anhand der bauzeitlich bestimmbaren Einzelkrypten nachvollziehen.
Unmittelbar an die Confessio schließt die unter Erzbischof Hermann II. um Mitte des 11. Jh. geschaffene, dreischiffige Hallenkrypta unter dem Langchor an. Deren östliche, an höheren Pfeilern erkennbare Erweiterung erfolgte im Zusammenhang des Chorneubaus bis 1237; die Malereifragmente an den dortigen Gewölben sind von etwa 1300.
Unter der nördlichen Chorkapelle befindet sich eine romanische Vorkrypta der Zeit um 1100; sie wird heute als Taufkapelle genutzt. Nach 1300 entstand im Zuge des Baus der gotischen Sakristei St. Margaretha die mit Kreuzgratgewölben versehene Südkrypta. Sie dient heute als Schatzort (Sacrarium) für die Funde aus dem Severinschrein.
