„Als einzige der alten Kirchen Kölns ist der Bau mit leidlich unversehrtem Innern aus dem Kriege hervorgegangen“, bilanzierte der Kunsthistoriker und Denkmalpfleger Albert Verbeek im Jahre 1949 über St. Maria in Lyskirchen.
Tatsächlich hatte die Kirche im Zweiten Weltkrieg nur den Verlust ihrer Dächer und leichte Beschädigungen am Außenmauerwerk zu beklagen. Die Malereien an den intakt gebliebenen Gewölben waren mit vergleichsweise wenigen 10–15% Substanzverlust durch den Krieg gekommen. Allerdings drohten ihnen nun wegen der offenen liegenden Gewölbe Witterungsschäden. Mit Blick auf die Totalzerstörung des unmittelbaren Umfelds der Marienkirche und einer insgesamt zu 95% zerstörten Altstadt grenzte aber dies in allem an ein Wunder.
Bis 1955 wurden die Dächer der Kirche in überlieferter Gestalt wiederhergestellt und bis 1956 erhielt sie einen von Karl Band und Elmar Hillebrand neugestalteten, vorkonziliaren Altarraum. Von dessen Ausstattung haben sich noch der in schwarzem Marmor und Schiefer geschaffene Altar und darauf das elfenbeinerne Tabernakel erhalten. Letzteres nimmt mit turmartiger Gestalt Bezug auf Maria als der „Turm Davids“.