In der Krypta lassen sich analog zur Situation im Chor die beiden Bauphasen des 11. und des 12. Jh. unterscheiden.
Deutlich zeichnen sich die roten Sandsteinsäulen aus der ersten Bauphase von denen aus Kalkstein aus der zweiten Bauphase ab sowie auch die unterschiedlichen Gewölbehöhen. Die Confessio, ein kleiner Raum mit dem Märtyrergrab, entstand um 1190 wie auch der darüber befindliche Gereonsaltar.
Die gewählte Hausform der Grabanlage entspricht dem Dreikönigenschrein im Kölner Dom, der etwa zur selben Zeit (um 1190–1225) geschaffen wurde.
In diesen drei Steinsarkophagen befinden sich die Reste der Gebeine der legendären thebäischen Legionssoldaten. Im Bogenfeld über der Confessio hat sich ein Teil der Ausmalung des 13. Jh. erhalten. Die Wandmalerei zeigt die Kreuzigung Christi mit Maria und Johannes unter dem Kreuz und die hll. Gereon (links) und Helena (rechts).
Der Mosaikfußboden mit der Darstellung der Legenden von Samson und David gehörte zur aufwendigen bauzeitlichen Ausstattung des Chores (1151–1156) und musste bei einer Neuausgestaltung des Chores in der Barockzeit weichen.
Er wurde in Teilen hauptsächlich in die Turmkapellen der Krypta verlegt. Die jetzige Anordnung in mehreren Reihen entstand Ende des 19. Jh.
Bei der damaligen Neuverlegung wurden die Rahmen um die Einzelszenen neu geschaffen und Ergänzungen vorgenommen.
Mosaikfußboden, um 1151–1156, 1867/71 ergänzt und neu verlegt aus unregelmäßig geschnittenen Steinen in sechs Farben (verschiedenfarbiger Marmor, Kalkstein, Ziegel)
Das Renaissanceretabel aus Kalkstein entstand um 1540 und gelangte im 17. Jh. in die Krypta.
Die zentrale Szene des aus Pilastern, Bögen und Gebälk bestehenden Aufbaus stellt Christus am Kreuz dar, mit Maria und Johannes darunter, flankiert von den hll. Anno (links) und Mauritius (rechts). Bei den deutlich kleineren Figuren in der Profilansicht handelt es sich vermutlich um einen Diakon und einen Kanoniker des Stiftes. Auf den äußeren oberen Pilastern bekrönen die hll. Gereon (links) und Helena (rechts) den Altarretabel. Auf dem Giebel thront die Gottesmutter, und die Hll. Drei Könige beten den Gottessohn an. Wegen der Symmetrie des Aufbaus wohnt auch der hl. Josef (rechts) dieser Szene bei.
Die filigrane Ausarbeitung aller Figuren aus Kalkstein, die Putten in allen Zwickeln, die Bekleidung im Stil der Renaissance und vor allem das ausgewählte Heiligenprogramm sprechen für eine vormals sehr prominente Platzierung des Altaraufsatzes, vermutlich am Kreuzaltar auf der Treppenanlage zwischen Dekagon und Chor.
Altarretabel, Kalkstein, um 1540
Die um 1953 von Wilhelm Teuwen für die Krypta als Notkirche entworfenen Fenster wurden bereits Anfang der 1960er Jahre zugunsten einer Neuverglasung durch Alfred Manessier (1911–1993) wieder ausgebaut. Sie befinden sich heute in den Turmkapellen im Hochchor (figürliche Fenster) und in der Pietàkapelle (ornamentale Fenster).
Mit der Wahl des französischen Künstlers Manessier ist St. Gereon eine der wenigen Kirchen, in der beim Wiederaufbau ein international renommierter Glaskünstler zum Zug kam. In der Krypta verdichtet sich die ornamentale Farbigkeit der Fenster von Westen nach Osten und gipfelt im Chor in der abstrakten Darstellung der drei christlichen Tugenden Liebe (links), Glaube (intensiv blau – Mitte) und Hoffnung (rechts). Der Weg zu den Tugenden folgt auf der Nordseite der Krypta ungegenständlichen Darstellungen von Passion und Karfreitag (intensive Rottöne – nicht sichtbar, da in der nördlichen Turmkapelle) und auf der Südseite Fensterbildern von Pfingsten. Besucht man die Krypta bei Sonnenschein zur Mittagszeit, ergeben sich fantastische Farbspiele mit Szenen des Mosaikfußbodens, beispielsweise mit der Kampfszene von Samson mit dem Löwen.
Glasmalerei, Entwurf Alfred Manessier, 1964
