St. Cäcilien ist für das Museum Schnütgen Ausstellungsraum und Exponat zugleich. Sie gehört zu den zwölf großen romanischen Kirchen Kölns. Ihre Ursprünge liegen bereits im 8. Jahrhundert, doch in ihrer heutigen Gestalt geht die dreischiffige Pfeilerbasilika weitgehend auf das 12. Jahrhundert zurück.
Aus dieser Zeit stammt auch das Cäcilientympanon vom Portal des nördlichen Seitenschiffs, ein Hauptwerk der romanischen Steinskulptur im Rheinland. Heute ziert eine Kopie das Bogenfeld über dem Portal, während das Original im Museum zu sehen ist.
Bis 1475 war St. Cäcilien Zentrum eines vornehmen Damenstiftes und danach für rund 400 Jahre Klosterkirche. Daneben war sie in der Nachbarschaft der Schildergasse Zunftkirche der mittelalterlichen Maler der Stadt. Im 15. Jahrhundert wurde seitlich des Chors die gotische Sakristei angebaut und das Mittelschiff der Kirche erhielt ein Kreuzrippengewölbe. Zusammen mit ihrer Schwesterkirche, der Pfarrkirche St. Peter, bildet St. Cäcilien heute die einzige erhaltene Doppelkirchenanlage in Köln.
Nach den Wirren der französischen Revolution diente die Cäcilienkirche für gut 150 Jahre als Bestandteil des ersten öffentlichen Krankenhauses von Köln. Zu dieser Zeit wurde der westliche Teil der Kirche baulich verändert.
Kirche und Bürgerspital wurden im Zweiten Weltkrieg stark zerstört. Karl Band baute das Kirchengebäude in den 1950er Jahren im romanischen Stil wieder auf. St. Cäcilien ist eine geweihte Kirche geblieben, aber in erster Linie ist dieser besondere Ort ein Museum.
„Das schönste deutsche Museum“ hat Theodor Heuss das Schnütgen-Museum genannt, als es als erstes Kölner Museum nach dem Krieg wieder eröffnet wurde.
