Der dominante Westbau mit seinen zwei Treppentürmen und dem hervortretenden Mittelgiebel gilt als das Erkennungsmerkmal von St. Pantaleon.
Er ist der zweiten ottonischen Bauphase der Kirche zuzuordnen, die auf zwischen 984 und um 1000 datiert und während der die Kirche ausgebaut wurde. Initiiert wurde dies vermutlich von Kaiserin Theophanu, die nach ihrem Tod in der Kirche beigesetzt wurde. Das ottonische Westwerk besteht nicht mehr vollständig, da die Vorhalle im 18 Jh. abgebrochen und im 19 Jh. in verkürzter Form wieder aufgebaut wurde. Die heutige Fassade vermittelt eine gute Idee des ottonischen Bauwerks, denn der Wiederaufbau gibt die ursprüngliche Gliederung mit der Bogenöffnung im Erdgeschoss recht genau wieder.
Nur die Nischen gleichen dem ottonischen Bau nicht, zudem wurde er auch um eine Achse verkürzt. Beim Eintritt in den Westbau bemerkt man ein Deckengemälde im Vierungsraum, das von 1966 Gerhard Kadow ausgeführt wurde. Dargestellt ist das Himmlische Jerusalem.




