Ein Großteil der Dächer St. Apostelns war bereits 1942 zerstört worden, so dass die Kirche bis zum Beginn des Wiederaufbaus mehr als ein halbes Jahrzehnt ungeschützt der Witterung ausgesetzt war. Zum Ende des Krieges waren schließlich bis auf den Helm des südöstlichen Chorturms alle Dächer vernichtet, hinzu bis auf wenige Reste die Gewölbe, die nördliche Seitenschiffwand des Langhauses, Laterne und Zwerggalerie des Vierungsturms sowie die komplette umlaufende Zwerggaleriezone des Trikonchos.
Der 1948 unter Dom- und Diözesanbaumeister Willi Weyres begonnene Wiederaufbau war von der Idee einer aus Kosten- und Zeitgründen durchgeführten originalen Rekonstruktion nur der statisch relevanten Teile geprägt. So wurden die Zwerggalerien des Trikonchos mit dazugehörenden Plattenfrieszonen, ganz ähnlich wie in der ersten Wiederaufbauphase Groß St. Martins, nur in provisorischer Gestalt in Backstein rekonstruiert.
Auf den Wiederaufbau der Vierungslaterne wurde erst einmal ganz verzichtet und nur ein flaches Zeltdach auf die ebenfalls provisorisch wiederhergestellte Tambourgalerie des Vierungsturms gesetzt. Erst 1965–1975, in der zweiten Phase des Wiederaufbaus, wurde der Trikonchos samt Vierungsturm in den ursprünglichen Zustand versetzt.
Am 21.09.1975 wurde der Ostchor samt der bis heute bestehenden, von Pfarrer Theodor Schnitzler initiierten und vom Kölner Bildhauer Sepp Hürten geschaffenen liturgischen Altarraumausstattung geweiht.