Der Westbau von St. Kunibert war als Ort ähnlich wie in St. Aposteln und St. Severin für den Gemeindegottesdient innerhalb der Stiftskirche vorgesehen. Der große und wuchtige Turm auf der Mitte des westlichen Querhauses war eine statische Herausforderung und die Schwachstelle der Kirche zugleich. 1376 zerstörte ein Feuer den Westbau. Wegen fehlender Mittel verzögerte sich der Wiederaufbau. Erst 1400 war der Turm in gotischen Formen wiederhergestellt. 1773 wurde das große Stiftsgeläut von M. Legros eingebaut.
„Wegen Einsturzgefahr gesperrt“ – solche Schilder mussten im 19. Jh. an mehreren romanischen Kirchen angebracht werden. Die Gemeinden ergriffen allerorts Maßnahmen, um die Kirchen nach der Säkularisation zu sanieren. Immer noch rechtzeitig - außer in St. Kunibert, als am 28. April 1830 abends der Turm einstürzte und damit auch den Westbau und Teile des Mittelschiffs zerstörte. Der Wiederaufbau erfolgte 1835–1838 durch den Kölner Stadtbaumeister Johann Peter Weyer, und der des Westturms ab 1843 in mehreren Phasen bis 1859. Dies ist ein frühes Beispiel bürgerlichen Engagements und finanzieller Unterstützung für die romanischen Kirchen, gut zehn Jahre vor dem Beginn des Weiterbaus am Kölner Dom.
In den letzten drei Jahren des Zweiten Weltkriegs fügten Bombenangriffe St. Kunibert immer wieder Schäden zu. Am 29. Juni 1943 brannten sämtliche Dächer ab und beschädigten die Gewölbe. Der Bau war nun zusätzlich den Naturgewalten ausgeliefert und infolge der durch Angriffe immer wieder erfolgenden Druckwellen stürzte 1944 der Westturm erneut ein und riss das Westquerhaus und die angrenzenden Langhauspartien mit sich.
Erst 1979/80 war der Zeitpunkt gekommen, sich mit dem Wiederaufbau das Westbaus im Rahmen der Beseitigung von Kriegsschäden zu beschäftigen, und 1985 fiel dann tatsächlich die Bauentscheidung. Man einigte sich auf die Wiederherstellung des Bauzustands zwischen 1400 und 1830. Die Gemeinde hatte sich schon seit 1981 um die Wiederherstellung des großen Geläuts unter Einbeziehung des historischen Glockenbestandes (8 Stiftsglocken im Westturm und 2 Pfarr- bzw. Kirspelglocken im Dachreiter) gekümmert. Die Glocken konnten 1992 in den wiedererstanden Turm eingebaut werden. Mit der Feier zur Fertigstellung des Baus am 3. Oktober 1993 wurde damit auch die letzte der zwölf Großen Romanischen Kirchen vollendet.
