Die von Erzbischof Pilgrim anstelle des unscheinbaren Vorgängerbaus extra muros, also außerhalb der Römermauer gegründete spätottonische Stiftskirche St. Aposteln ist noch gut am heutigen Bau ablesbar.
Nach Vorbild des Alten Kölner Doms war die in den 1020er-Jahren gebaute Pilgrimskirche eine doppelchörige Anlage. Geweiht wurde das neue Gebäude wieder auf die Zwölf Apostel, der Hauptchor im Westen jedoch noch einmal gesondert auf den Apostelfürsten Paulus. Der östliche, weniger bedeutende Chor war - wie im Alten Dom - Maria zugeeignet. Das westliche Pauluspatrozinium ist gesichert durch die Paulusfigur am Außenbau des um 1160–1180 aufgeführten ehemaligen Chorturms.
St. Apostelns Vorbilder waren also der Alte Kölner Dom (welcher seinerseits mit dem auf Petrus geweihten Westchor sein Vorbild in der alten Papstkirche, Alt St. Peter in Rom hatte) sowie die von Kaiser Konstantin dem Großen in Rom über Paulus‘ Grab extra muros gestiftete Kirche St. Paul vor den Mauern? Es scheint, als habe Pilgrim das städtebauliche Werk seines Vorgängers Bruno, den Ausbau Kölns als ein „Rom des Nordens“, fortzusetzen beabsichtigt.
Die sechsteiligen Gewölbe über vorgelegten Diensten samt zweizoniger, im Obergaden zweischaliger Wand stellen eine um 1220 vorgenommene, ihrerzeit hochmoderne spätromanische ‚Einkleidung‘ von Pilgrims Westquerhaus dar.
Bis in die Barockzeit war der Westchor liturgischer Hauptort St. Apostelns. Erst im 17. Jh. verlegte man das liturgische Geschehen der Stiftsgeistlichen in den seit 400 Jahren bestehenden Dreikonchenchor im Osten der Kirche. Der Pauluschor wurde aufgegeben, der Altarraum zu einer Portalhalle umgestaltet und die romanische Krypta darunter verschüttet.
