St. Gereon zählt bis heute zu den ungewöhnlichsten Bauwerken nördlich der Alpen. Diese Einzigartigkeit ist im Ausbau des spätantiken Ovalbaus zum spätromanischen Kuppelbau im frühen 13. Jh. begründet. Dabei verwandten die Baumeister bereits zeitgenössische frühgotische Elemente des nordfranzösischen Kathedralbaus. Der lichte 34m hohe Zentralraum war lange Zeit der größte und auch einzige Kuppelbau in Nordeuropa, und die Genialität der Baumeister bestand darin, die Statik der Strebefeiler einer dreischiffigen Basilika auf das Dekagon zu übertragen.
Zu den Besonderheiten von St. Gereon zählen u. a. die Taufkapelle von 1245, mit den ursprünglichen Malereien, der Mosaikboden des 11. Jhs. in der Krypta, die Confessio mit dem Heiligengrab und die obere gotische Sakristei aus dem 14. Jh. Bedeutend ist auch der moderne Fensterzyklus, der beim Wiederaufbau entstanden ist.
Der Legende nach hat Kaiserin Helena (248/50–330), Mutter von Kaiser Konstantin, den Grundstein für St. Gereon selbst gelegt. Grabungen nach dem Zweiten Weltkrieg und Bauuntersuchungen beim Wiederaufbau erbrachten jedoch neue Erkenntnisse zum römischen Bau, nach denen der Baubeginn nicht vor 346 gewesen sein kann, weil Reste eines Isisaltars zusammen mit einer Münze aus dieser Zeit im Mauerwerk gefunden wurden.
In den Ausstattungen wie Altarbildern, Figuren, Fenstern, Fresken, Malereien und Reliquiaren begegnen uns über viele stilistische Epochen und Jahrhunderte hinweg immer wieder die Heiligen und Märtyrer, die in St. Gereon schon sehr lange verehrt werden: Helena, Gereon, Gregorus Maurus und die Soldaten der thebäischen Legion. Gereon und seine Gefährten, die aus dem ägyptischen Theben stammten, sollen sich geweigert haben, an Christenverfolgungen unter dem römischen Kaiser Diokletian teilzunehmen. Sie wurden daraufhin getötet und ihre Leichname in einen Brunnen geworfen. Das Schicksal des hl. Gereon und der thebäischen Legion ließen den Schriftsteller Heinrich Böll von St. Gereon als „Meutererkirche“ sprechen.
