Das Langhaus von St. Kunibert besteht aus drei Jochen im Wechsel zwischen kreuzförmigen Hauptpfeilern und schmalen, querrechteckigen Nebenpfeilern, die das Kircheninnere in drei Schiffe unterteilen.
Das Mittelschiff kennzeichnet ein zweigeschossiger Aufbau: Über den Scheidarkaden befindet sich ein sog. Obergaden mit Blendtriforium (mit Säulchen und Bogenwülsten) sowie großen Rundbogenfenstern. Den Raumabschluss bilden sechsteilige Rippengewölbe mit spitzen Gurtbögen. Diese hüllen den Raum in ein klares, helles für romanische Kirchen eher ungewöhnliches Licht. Die Seitenschiffe werden oben von Kreuzrippengewölben mit hängenden Schlusssteinen abgeschlossen. Die Außenwände der Seitenschiffe haben flache Nischen mit Achtpassfenstern. Im Osten schließen sich die Vierung und ein eher kurzer Chor an, im Westen das mit großen Rundbogenfenstern versehene helle Querhaus. Nicht nur der rundum geführte zweizonige Aufbau, sondern auch die farblich einheitlich gestaltete Raumfassung nach historischen Vorbild verleihen dem Innern eine große Einheitlichkeit und beendeten in den 1990er-Jahren die Maßnahmen zur Wiederherstellung des Raumes.
