Auch im Inneren des Chores dominiert der zweigeschossige Wandaufbau den Raum. Die Apsis wird durch fünfteilige Arkaden auf dreiteiligen Bündelpfeilern mit dahinterliegenden Laufgängen im oberen Bereich gegliedert. Im oberen Geschoss finden sich große, unten in den flachen Muldennische kleinere Rundbogenfenster. In den Querhäusern wird der zweigeschossige Aufriss der Apsis fortgesetzt: gemuldete Wandnischen und tiefe Fensteröffnungen im Untergeschoss, ein Laufgang hinter hohen Bögen auf Pfeilern mit Säulen im oberen Geschoss. In der Höhe finden sich ebenfalls Rippengewölbe, hier fünfteilig. Dadurch, dass die Querarme nicht als Konchen ausgebildet sind, wähnen sich die Besucher in einer großen Chorhalle. Als Vorbild dienten den Baumeistern die in der 2. Hälfte des 12. Jh. entstandenen Westchorhallen an Rhein und Maas, z. B. in St. Victor in Xanten.
Der Außenbau des Chores und damit die Schauseite der Kirche zum Rhein hin steht in der Tradition der rheinischen Etagenchöre wie St. Cassius und Florentius in Bonn (sog. Bonner Münster), St. Gereon, Groß St. Martin und St. Aposteln in Köln. Rundbogenblenden auf flachen Lisenen gliedern das Untergeschoss, darüber rahmen Bogenblenden auf Vollsäulen die Fenster. Die Apsis wird von einer Zwerggalerie mit paarweise angeordneten Arkaden bekrönt. Über den Querarmen erheben sich zwei Flankentürme.
